Historia
Contexto histórico

En el siglo XVIII, San Miguel de Allende era una próspera ciudad colonial en el virreinato de Nueva España (hoy México). Era un importante centro comercial y cultural, con una población diversa de españoles, criollos, indígenas y mestizos.
Desde la primera mitad del siglo XVIII los vecinos de San Miguel el Grande (Hoy San Miguel de Allende) empezaron a hacer los trámites necesarios a la erección de un hospital donde se curasen los pobres, de todas las enfermedades, que habían en la población, se acudió primeramente al cura, a fin de que éste hiciera saber al Obispo de Michoacán (San Miguel el Grande entraba en su jurisdicción), la utilidad que esta obra reportaría.
El Obispo estuvo de acuerdo; se solicitó entonces la autorización del Virrey don Juan de Acuña, Marqués de Casa fuerte (1722 a 1734), pero por razones que ignoramos, el asunto no halló por entonces respuesta alguna.
Fundación
La iglesia y el hospital se inauguraron el 24 de octubre de 1770. Don Manuel de Villegas es considerado el fundador de ambos. Originalmente, el hospital estaba bajo Patrocinio Real, por lo que todos los documentos anteriores se refieren a él como Hospital Real. Lleva el nombre de San Rafael, patrón de los enfermos. Su nombre significa "medicina de Dios".

Al principio, el hospital estaba bajo la autoridad del párroco para la ayuda que pudiera conseguir de sus feligreses, pero a medida que la parroquia creció en tamaño, al párroco le resultó imposible administrar tanto la parroquia como el hospital.
San Miguel de Allende era un centro religioso importante, con varias órdenes religiosas establecidas en la ciudad. Esto influía en la administración y el funcionamiento del hospital, que a menudo estaba bajo la supervisión de alguna orden religiosa local.
El hospital no solo proporcionaba atención médica, sino también refugio y asistencia a los necesitados. Era parte de la estructura social y de beneficencia de la época colonial, donde las órdenes religiosas y las autoridades civiles jugaban un papel crucial en la atención social.
A principios del siglo XIX, el hospital estaba completamente deteriorado. Los fondos eran insuficientes para cubrir salarios, medicinas y reparaciones del edificio.
México atravesó períodos turbulentos con guerras civiles y conflictos políticos. El hospital continuó operando y adaptándose a los cambios sociales y políticos, aunque su importancia y funciones variaron con el tiempo.
En un espacio que había sido diseñado para albergar hasta cien pacientes, una sola enfermera sólo podía atender a ocho. El hospital había sido fundado para atender a personas pobres, sin distinción racial, pero como los indios eran los más pobres entre los pobres, se convirtió casi exclusivamente en un hospital para indios.
Con la expropiación de los bienes de la Iglesia ordenada por las leyes de reforma (1859), el hospital y la iglesia pasaron a ser propiedad del gobierno.
El hospital pasó a llamarse Hospital Civil. En 1935, el edificio del hospital se convirtió en escuela y así sigue siendo hoy en día.
